1960 yılında Trabzon Araklı’da dünyaya geldi.
1982 yılında İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nden mezun oldu.
1986 yılında İmam-Hatip olarak göreve başlayan İsa Aktaş, aynı yıl İstanbul Haseki Eğitim Merkezi’ni kazandı. 1989 yılında İstanbul Haseki Eğitim Merkezi’nde 5. dönem İhtisas Kursunu bitirdi. 1989 yılında İzmir Karaburun İlçe Müftüsü olarak göreve başlayan Aktaş, 1992-1998 yılları arasında yurtdışı görevinde bulundu. Yurt dışı dönüşünde sırasıyla Giresun Çanaklı (1998), Trabzon Çarşıbaşı (2002), Kocaeli Başiskele (2008), Tekirdağ Kapaklı (2014) İlçe Müftüsü olarak görev yaptı. Aktaş, Kırklareli Lüleburgaz İlçe Müftülüğü (2020) görevini yürütürken 10.01.2022 tarihinde İstanbul İl Müftü yardımcısı olarak atandı.
İsa Aktaş, evli ve üç çocuk babasıdır.