Osmanlı Devleti'nde din işleri Meşihat Makamlığı'nca Şeyhülislam eliyle yürütülürdü. 1920 yılında Ankara'da kurulan Meclis Hükümetinde Meşihat, "Şer'iye ve Evkaf Vekâleti" adıyla "Bakanlık" olarak yer almış, 1924 'e kadar da bu statü aynen devam etmiştir.
Din hizmetlerinin politikanın dışında ve üstünde tutulması gerçeğinden hareketle 3 Mart 1924 tarihinde Şer'iye ve Evkaf Vekâleti kaldırılarak yerine, 429 sayılı Kanunla, Başvekâlet bütçesine dahil ve Başvekâlete bağlı Diyanet İşleri Reisliği, bugünkü adıyla Diyanet İşleri Başkanlığı kurulmuştur.
Millî Mücadele yıllarında büyük hizmetler vermiş, idarî tecrübesi olan ve uzun zaman Ankara Müftülüğü görevinde bulunan Börekçizade Mehmet Rıfat Efendi, 1 Nisan 1924 tarihinde Diyanet İşleri Reisliğine getirilmiştir. En yüksek devlet memuru maaşı alan Diyanet İşleri Reisine, bakanlara verilen kırmızı plakalı bir makam aracı tahsis edilmiş ve protokoldeki yeri de bu özelliklere göre belirlenmiştir.
Diyanet İşleri Reisliğinin merkez teşkilatı, kuruluşunun ilk yıllarında Heyeti Müşavere, Memurin ve Sicil Müdüriyeti, Müessesatı Diniye Müdüriyeti, Evrak Müdüriyeti ve Levazım Müdüriyeti birimlerinden oluşturulmuştur. 1927 yılında Tetkiki Mesahif Reisliği ile Teberrukât Heyeti Reisliği birimleri kurulmuştur. 5 Temmuz 1939 tarihinde kabul edilen 3665 sayılı kanunla da Reis Muavini kadrosu ihdas edilmiştir.
14 Haziran 1935 tarihinde kabul edilerek 22 Haziran 1935 'de yürürlüğe giren 2800 Sayılı "Diyanet İşleri Reisliği Teşkilat ve Vazifeleri Hakkında Kanun", Başkanlığın ilk teşkilat kanunu olmuştur. Bu kanunla teşkilatın yapısı, kadro oluşumu, merkez ve taşra görevlilerinin nitelikleri ve tayin usulleri gösterilmiştir. Teşkilatın görevleri ise söz konusu kanunun 2. maddesi gereğince düzenlenen ve 11 Kasım 1937 tarih ve 7647 sayılı kararname ile yürürlüğe konan "Diyanet İşleri Reisliği Teşkilatı'nın Vazifelerini Gösterir Nizamname’de belirtilmiştir.
1927 yılında oluşturulan yapıda, 1950 yılına kadar herhangi bir değişiklik yapılmamış, 20 Nisan 1950 tarihinde yürürlüğe konan 5634 sayılı Kanunla Diyanet İşleri Başkanlığı günün şartlarına göre yeniden düzenlenmiştir. Kanuna göre merkez teşkilatındaki bazı birimlerin adları değiştirilmiş, mevcut yapıya 1 adet başkan yardımcılığı ilave edilmiş, hayrat hademesi ve yayın müdürlükleri olmak üzere 2 yeni müdürlük kurulmuştur. Ayrıca ilk defa "Gezici Vaizlik" ihdas edilerek bütün vaizler maaşlı kadroya geçirilmiştir. 1951 yılında ise ilk defa Yayın Müdürlüğüne bağlı Dini Yayınlar Döner Sermaye Saymanlığı kurulmuştur.
1961 Anayasası; 154. Maddesiyle Diyanet İşleri Başkanlığı'nı bir Anayasa kurumu olarak düzenlemiş, genel idare içinde yer vermiş ve bu kurumun, özel kanununda gösterilen görevleri yerine getirmesini öngörmüştür.
1961 Anayasasının öngördüğü doğrultuda 22.06.1965 tarih ve 633 sayılı "Diyanet İşleri Başkanlığı Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun" ile Başkanlık yeni bir düzenlemeye kavuşturulmuştur. Diyanet İşleri Başkanlığı Merkez Teşkilatına bugünkü organik yapısını kazandıran ve Diyanetin tarihi gelişimi içerisinde yeni bir dönemi başlatan da bu kanun olmuştur.
1961 Anayasasında Diyanet İşleri Başkanlığının genel idare içinde yer alarak özel kanununda gösterilen görevleri yerine getireceği ifade edilirken, 1982 Anayasasında ise Başkanlığın görevlerini yerine getirirken uyması gereken kıstaslar da belirtilmiştir
30.04.1979 tarihinde yürürlüğe giren 26.04.1976 tarih ve 1982 sayılı Kanunla, 633 Sayılı "Diyanet İşleri Başkanlığı Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun"da geniş çapta değişiklik yapılmış ve Diyanet İşleri Başkanlığının yurtdışında da teşkilatlanması sağlanmıştır. Ancak 1982 sayılı Kanun, Anayasa Mahkemesi'nin 18.02.1979 tarih ve E.1979/25,K.1979/46 sayılı kararı ile iptal edilmiştir. Bu iptal sonucu, 633 sayılı Kanunun 1982 sayılı Kanunla değiştirilen maddeleri yürürlükten kalkmıştır. Ayrıca, 657 sayılı Devlet Memurları Kanunu ile çeşitli kanun ve kanun hükmünde kararnameler, 633 sayılı Kanunun bazı maddelerini hükümsüz kılmıştır. Ancak 1/7/2010 tarihinde TBMM'de kabul edilen 6002 sayılı yasa ile; öncelikle iptalden doğan boşluğun giderilmesi sağlanırken aynı zamanda, toplumumuz açısından son derece önemli görevleri yerine getiren Diyanet İşleri Başkanlığının teşkilat yapısının çağın gerekleri doğrultusunda yeniden şekillendirilmesi sağlanmaktadır.
Kuruluşundan bugüne kadar gerek yurtiçindeki, gerekse yurtdışındaki vatandaş, soydaş ve dindaşlarımıza din hizmeti vermekte olan Diyanet İşleri Başkanlığı, Anayasada belirtilen ilkeler doğrultusunda üzerine düşen görevleri yerine getirebilmek ve daha iyi bir hizmet sunabilmek için yoğun çalışma içerisindedir. Bundan böyle de bu yöndeki çaba ve gayretleri, artarak devam edecektir.
İl ve ilçe müftülükleri Diyanet İşleri Başkanlığını temsil eder.
Misyonumuz; Toplumun dinî ihtiyaç ve beklentilerine cevap vermek amacıyla İslam Dini'nin temel kaynaklarına dayalı doğru ve güncel bilgi ile toplumu din konusunda aydınlatmak, inanç, ibadet ve ahlak esasları ile ilgili işleri yürütmek ve ibadet yerlerini yönetmektir.
Vizyonumuz; Türkiye ve dünyada İslam Dini'ne ilişkin her hususta referans alınan, en etkin ve saygın kurum olmaktır.